NGS-based methods and Data Science

【NGS 次世代基因體資料科學】生物實驗的重複Replicates

Replicates 是指同樣的實驗在相同條件之下,重複實驗的結果。一般生醫領域的replicate又可分為technical replicate和biological replicate。

Technical Replicate 技術性重複

是指生物實驗的對象不變,例如從同一隻實驗鼠身上獲得,但重複進行科學測量的結果(這裡的科學測量其實是一整套生物實驗的製備流程,可能會包含sorting(細胞分選)、culture(細胞培養)、RT-PCR 到製作成library的各種Seq的各種流程),做technical replicate 可協助驗證protocol(實驗配方)的再現性。以一個data scientist 的角度來說對於取得的technical replicates 可以簡單跑correlation類型的分析來協助確認technical replicate之間是否足夠相似,右或者會需要去跑不同的protocol的結果,並協助找出較佳的方案。

Biological Replicate 生物性重複

是指生物實驗的對象來源不同的結果。可能是N隻不同的實驗鼠,或N位donor(實驗樣本的捐贈者)。biological replicate會受到不同的實驗的對象之間的差異(有可能來自不同的DNA)的擾動,但如果研究發現的規律是真實的話,理論上應該要能在不同biological replicate之間重複該實驗的結果,一般而言N=3可被接受。

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