【3D Genome】 染色質環(Loop)的BEDPE格式

BEDPE(.bedpe)為BED格式的二維擴充。由於BED格式設計成紀錄一維的特徵資訊(例如ChIP Seq)，也就是紀錄某個位點的資訊，並沒有提供一次紀錄兩個位點的格式，因此BEDPE格式被提出，並在越來越多分析工具中被使用而逐漸成為一種標準，特別是紀錄染色質環的資料，常見為BEDPE8和BEDPE10。在分析loop的工具hichipper中，輸出的loop結果就是以BEDPE8格式儲存。

例如:

chr1  10   20   chr5  50  51  .  2

欄位依序為:

chr_A / start_A / end_A / chr_B / start_B / end_B / record_name / score / strand_A / strand_B

1. A的染色體號
2. A的起始位置
3. A的結束位置
4. B的染色體號
5. B的起始位置
6. B的結束位置
7. 本紀錄的名稱(若無可填 .
8. 本紀錄的分數強度
9. A的strand(轉錄方向性)
10. B的strand(轉錄方向性)

對於染色質環(Loop)，A和B分別是Loop的兩個錨點(loop anchors)，該位置也就是染色質環起繞和終繞的位置。

參考資料：

https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.html
https://github.com/YaqiangCao/cLoops/blob/master/scripts/hicpropairs2bedpe

楊 明翰

是一個對 “下一個世代” 的醫療科技充滿熱血的 Bioinformatican

更多介紹