【NGS 軟體開發】使用SeqAn3 讀取fastq格式
SeqAn3是一個支援現代C++的NGS Data 上游處理的函式庫。這裡介紹如何使用它來讀取剛下機的原始資料（fastq）檔。
Seqan3函式庫的Hello World
安裝完成之後，可以用seqan3的debug_stream函式來測試看看是否正常運作，測試程式碼如下：
C++
#include <seqan3/core/debug_stream.hpp>
int main()
{
seqan3::debug_stream << "Hello World!";
}編譯執行之後就會得到：
Hello WorldSeqan3函式庫讀取fastq
seqan3讀取資料的方式為使用建構子建立一個sequence_file_input的物件(seqan3::sequence_file_input fin{std :: cin, format_fasta{}}; )，之後就可以用迭代器來取得每一筆read。這裡示範如下，用seqan3::sequence_file_input fin{“R1.fastq”};讀取檔案R1.fastq，然後用迭代器走訪每個read。每個read會有id，sequence，以及base_qualities三個主要的屬性可以存取。
C++
#include <iostream>
#include <seqan3/core/debug_stream.hpp>
#include <seqan3/io/sequence_file/input.hpp>
#include <string>
int main() {
seqan3::sequence_file_input fin{"R1.fastq"};
for (auto& read : fin) {
seqan3::debug_stream << "id: " << read.id() << std::endl;
seqan3::debug_stream << "sequence: " << read.sequence() << std::endl;
seqan3::debug_stream << "base qualities: " << read.base_qualities() << std::endl;
}
return 0;
}
另外，也可以省略auto& read，直接用類似tuple的方式寫：
C++
#include <iostream>
#include <seqan3/core/debug_stream.hpp>
#include <seqan3/io/sequence_file/input.hpp>
#include <string>
int main() {
seqan3::sequence_file_input fin{"R1.fastq"};
for (auto& [seq , id, bqual] : fin) {
seqan3::debug_stream << "id: " << id << std::endl;
seqan3::debug_stream << "sequence: " << seq<< std::endl;
seqan3::debug_stream << "base qualities: " << bqual << std::endl;
}
return 0;
}
是一個對 “下一個世代” 的醫療科技充滿熱血的 Bioinformatican
Related Posts
【NGS 軟體開發】在Ubuntu上設定預設的Java環境為Oracle Java8
先去Oracle官網...
【3D Genome】 應用電腦視覺於TAD拓撲結構域之預測創意發想
由於Hi-C 視覺化...
Chinese 
English